Trong game Ninja Village, các Ninja không phải là những sát thủ chết người ẩn thân trong bóng tối như phim ảnh hay sách truyện thường đề cập. Ở các Ninja sẽ sinh sống trong một ngôi làng nhỏ thuộc quyền quản lý của người chơi và dành phần lớn thời gian để trồng trọ, đốn gỗ hay hoạt động kinh doanh trong các dịch quán. Họ cũng không mặc đồ đen với bịt mặt và mũ trùm như trong "truyền thống", người chơi có thể tùy chọn quần áo, trang phục cho họ theo như sở thích của mình.


Để làm tốt công việc của một chúa công trong Ninja Village, đầu tiên người chơi sẽ phải học cách quản lý và xây dựng, phát triển ngôi làng của mình, bắt đầu từ một ngôi làng nhỏ với số ít dân cư và theo thời gian mở rộng ra thành một thành phố đông đúc và nhộn nhịp. Các công trình trong game được chia làm 3 loại khác nhau theo mục đích sử dụng: phục vụ cho dân làng; phục vụ sản xuất và phục vụ hoạt động kinh doanh.

Người chơi sẽ phải xây thêm nhà ở khi dân số gia tăng, phát triển thêm ruộng vườn cho nhu cầu trồng trọt hay phát triển thêm các dịch quán, cửa hàng nhằm có thêm khoảng thu từ các thương gia ghé qua làng hay du khách đến thăm.

Sau khi đã thực hiện tốt việc "tề gia", tiếp đó người chơi sẽ đến với "trị quốc" và dấn thân vào công cuộc "bình thiên hạ". Ở giai đoạn giữa của game, người chơi sẽ gặp một sứ giả từ triều đình đến cầu sự viên trợ, lúc này người chơi bắt đầu đóng vai trò hỗ trợ cho một "Shogun" bị lật đổ.


Người chơi sẽ thực hiện các quyết định giúp nâng cao sức chiến đấu của quân đội, huấn luyện, bổ sung số lượng lớn binh sĩ phục vụ cho quá trình chiến đấu nhằm thống nhất Nhật Bản. Các chủng loại quân binh trong Ninja Village được chia làm bộ binh, kỵ binh, cung thủ và xạ thủ; người chơi sẽ dần dần mở khóa từng chủng loại theo quá trình chơi.

Các Ninja trong làng lúc bấy giờ sẽ đóng một vai trò cực kỳ quan trọng, mỗi Ninja đều có một chỉ số sức mạnh, phòng thủ và kỹ năng đặc biệt riêng, nếu có hướng phát triển và trang bị phù hợp, các Ninja sẽ chiếm gần 30% khả năng thắng bại của quân đội khi tham gia vào các trận chiến. Sau mỗi cuộc chinh phạt, người chơi sẽ đạt được những phần thưởng như: tiền, công nghệ mới về vũ khí và giáp trụ, giấy mở rộng đất hay khả năng xây dựng những công trình mới.